Ingénieur de recherche biologiste en analyse de données- AFZOONS_(H/F)

À propos de nousL’UPVD est une université pluridisciplinaire favorisant l’égalité des chances, avec un fort ancrage territorial en Occitanie Pyrénées-Méditerranée : 4 sites à Perpignan et 4 autres dans les Pyrénées-Orientales (Canet, Tautavel et Font-Romeu, Port-Vendres), 3 sites dans l’Aude (2 à Narbonne et 1 à Carcassonne) et deux sites délocalisés à Paris et au Maroc.Comptant environ 9500 étudiants dont 350 doctorants, l’UPVD emploie près de 450 personnels enseignants-chercheurs et enseignants, 400 personnels administratifs et techniques et plus de 600 vacataires. L’université compte 5 facultés et 3 instituts. Forte de ses 17 laboratoires dont beaucoup sont liés à des instituts nationaux (ex. CNRS), de ses deux fédérations de recherche, de ses écoles doctorales, l’UPVD est en pointe sur les enjeux sociétaux actuels, notamment la transition écologique, la biodiversité et l’adaptation des plantes aux changements climatiques. Ses axes de recherche concernent plus généralement le monde du vivant, les sciences et techniques, les lettres et sciences humaines mais également le droit, les sciences économiques et le management. L’UPVD compte également une Fondation Universitaire.MissionSchistosomiases zoonotiques en Afrique: changement de paradigme – AfZoonSLa schistosomiase (ou bilharziose) est une maladie parasitaire due à des vers plats du genre Schistosoma.Elle touche plus de 200 millions de personnes dans le monde et constitue un problème de santé publique majeur, avec des conséquences sanitaires, sociales et économiques importantes. Transmise par contact avec de l’eau douce infestée de larves libérées par des mollusques (hôtes intermédiaires), elle affecte principalement les populations rurales des zones tropicales et subtropicales. L’infection chronique entraîne des atteintes urinaires (sang dans les urines, fibrose vésicale) ou intestinales/hépatiques (diarrhées, hémorragies, fibrose hépatique, hypertension portale) selon les espèces de parasites. La lutte contre la schistosomiase repose principalement sur l’utilisation d’une seule molécule anti-helminthique : le praziquantel. Cette stratégie est mise en œuvre par des campagnes de traitement de masse ciblant les écoliers. Un écueil majeur est qu’elle ignore les réservoirs qu’ils soient humains (les adultes ou les enfants non scolarisés) ou animaux.Depuis l’émergence de cette maladie en Corse du Sud et l’identification d’un pathogène hybride entre un parasite de l’Homme et un parasite de l’animal (bétail et rongeur) les craintes de transmission zoonotiques sont légitimement apparues. Ces parasites hybrides ont été détectés chez l’Homme dans tous les pays africains où ils ont été recherchés (Sénégal, Mali, Côte d’Ivoire, Bénin, Cameroun…). Chez l’animal, ils ont été identifiés chez les rongeurs (Sénégal et au Bénin) et chez les bovins (Malawi, Bénin). Le projet ANR AfzoonS (AFrican ZOONotic Schistosomiasis: a paradigm shift) vise à étudier cette transmission potentiellement zoonotique dans le village de Kessounou, au sud du Bénin, où des parasites hybrides ont été retrouvés simultanément chez l’Homme, les bovins et les rongeurs. Des parasites issus de chaque hôte seront soumis à une analyse de génomique des populations par séquençage RADseq (Restriction site Associated DNA sequencing). L’objectif sera d’analyser la dynamique et les flux de genes entre parasites échantillonnés dans les différents compartiments : homme, rongeurs et bovins. In fine, ces données de polymorphisme issues des parasites échantillonnés chez l’homme seront mises en relation avec la sévérité de la maladie.Le(la) post-doctorant(e) / ingénieur(e) de recherche recruté(e) aura pour objectif de réaliser la préparation des échantillons pour le séquençage (extraction d’ADN et construction des banques RAD) ainsi que l’analyse des données génomiques issues du séquençage haut débit (assemblage des données et alignement sur génome de référence ; appel de variants (SNP, Indels) ; calcul d’indicateurs du polymorphisme génétique ; délimitation des groupes génétiques, etc).La personne recrutée pourra également travailler sur d’autres données de génomique des populations déjà disponibles au laboratoire.La personne sera également amenée à contribuer à l’analyse de données de transcriptomique de parasites obtenues à partir d’infections expérimentales. Des missions de terrain, en Afrique, pourront être réalisées.LIEN -> https://anr.fr/Projet-ANR-24-CE35-6032ActivitesMener des analyses de génomique des populations, depuis la préparation des banques jusqu’aux analyses populationnellesDévelopper et/ou utiliser des pipelines bio-informatiques pour l’analyse de grands jeux de données de RADseq et de transcriptomiqueMettre en œuvre des analyses statistiques et populationnellesRédiger des publications scientifiques et contribuer à la valorisation des résultats (communications orales, congrès internationaux, collaborations).Encadrer ponctuellement des étudiants de Master et participer aux activités collectives de l’équipe.Environnement Et Contexte De TravailEncadrement : L’encadrement sera assuré par Jérôme Boissier (Pr UPVD) et Eve Toulza (MCF UPVD)Contraintes : Missions de terrain en AfriqueProfilDate de clôture des candidatures : 30 novembre 2025Prise de poste : 5 janvier 2026Docteur en biologieContrat de travail à durée déterminée, selon le profil du candidat retenu : Ingénieur de recherche biologiste en analyse de données (A1A41), ou contrat post-doctoralConnaissancesDoctorat en biologie évolutive, génomique des populations, bio-informatique, ou disciplines connexes.Bonnes connaissances en génétique et/ou génomique des populations.Savoir-faireSolide expérience en bio-informatique appliquée à la génomique (utilisation d’un cluster de calcul et/ou environnement Galaxy, analyse de séquences, pipelines de traitement de données, statistiques associées).Une expérience sur des jeux de données RAD serait un fort atoutUne expérience de l’analyse de données fonctionnelles (transcriptomique, génomique) serait un plus.Savoir ÊtreCapacité à travailler en autonomie, tout en intégrant une équipe pluridisciplinaire.Excellentes compétences en communication scientifique écrite et orale (anglais indispensable).Temps de travail : Le protocole sur le temps de travail en vigueur à l’UPVD prévoit un temps de travail effectif de 37h30 hebdomadaires et 57 jours de congés annuels.Fourchette salariale : Le protocole de gestion des personnels contractuels en vigueur à l’UPVD prévoit une grille de rémunération en fonction de l’expérience de l’agent sur le poste concerné.Pour ce poste de catégorie A, la fourchette salariale est comprise entre 2 312 € bruts et 2 575 € bruts.Conditions de diplôme : Bac +5Référence de l'offre : xveg3ddhcq